RStudio(4) 基本データ解析

データをデータベースまたはCSVなどから持ってきて、基本データ解析をします。
(1) データの用意
まずプロジェクトを作成しておきます。
今回データベースからのデータを使うので、DBIとRMySQLライブラリを入れておきます。

library("DBI", lib.loc="/usr/lib64/R/library")
library("RMySQL", lib.loc="/usr/lib64/R/library")

データベースからデータを取るスクリプトを作っておきます。
[MySQL.R]

> source('MySQL.R')
> mysql.connect()
> mysql.getSelect()

スクリプトを作る時に、"<<"はグローバル変数に代入します。

(2) 基本解析
(i) summary
summary関数を使って、その結果をcsvに保存します。

> summary(mysql.data)

> write.csv(summary(mysql.data), file="summary.csv") 

(ii) boxplot

> boxplot(mysql.data)

(iii) hist

> hist(mysql.data$attack, col = "orange", main = 'Histgram', labels=T, xlab="range")

(iv) 相関係数行列

> install.packages("psych")

> library(psych)

> pairs.panels(mysql.data)

(v) 無向グラフ
これはpackageで”qgraph"を利用するが、CentOSの場合はyumでライブラリを入れておく必要がある。
# yum install libxml2-devel
# yum install libjpeg-devel
# yum install libpng-devel

> install.packages("qgraph")    (時間がかかる) 

> library(qgraph)

> qgraph(cor(mysql.data),edge.labels=T)

(vi) ヒートマップ

> cor.plot(cor(mysql.data),numbers=T)

(vii) 主座標分析

> plot(cmdscale(dist(cor(mysql.data))),type="n",xlab="", ylab=""); 
> text(cmdscale(dist(cor(mysql.data))),rownames(cor(mysql.data)))

これらをスクリプトにしたものが次になります。
[Basic.R]


参考
http://kusanagi.hatenablog.jp/entry/2014/07/23/220951