RStudio(4) 基本データ解析

データをデータベースまたはCSVなどから持ってきて、基本データ解析をします。
(1) データの用意
まずプロジェクトを作成しておきます。
今回データベースからのデータを使うので、DBIとRMySQLライブラリを入れておきます。

library("DBI", lib.loc="/usr/lib64/R/library")
library("RMySQL", lib.loc="/usr/lib64/R/library")

データベースからデータを取るスクリプトを作っておきます。
[MySQL.R]

	mysql.connect <- function(){
	dbconnector <<- dbConnect(dbDriver("MySQL"),dbname="XXXXX",user="YYYYY", password="ZZZZZZ")
	}
	mysql.getSelect <- function(){
	mysql.data <<- dbGetQuery(dbconnector, "SELECT `attack`, `defence`, `hp`, `exp`, `gold`, `water` FROM `monsters` ")
	}

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> source('MySQL.R')
> mysql.connect()
> mysql.getSelect()

スクリプトを作る時に、"<<"はグローバル変数に代入します。

(2) 基本解析
(i) summary
summary関数を使って、その結果をcsvに保存します。

> summary(mysql.data)

> write.csv(summary(mysql.data), file="summary.csv") 

(ii) boxplot

> boxplot(mysql.data)

(iii) hist

> hist(mysql.data$attack, col = "orange", main = 'Histgram', labels=T, xlab="range")

(iv) 相関係数行列

> install.packages("psych")

> library(psych)

> pairs.panels(mysql.data)

(v) 無向グラフ
これはpackageで”qgraph"を利用するが、CentOSの場合はyumでライブラリを入れておく必要がある。
# yum install libxml2-devel
# yum install libjpeg-devel
# yum install libpng-devel

> install.packages("qgraph")    (時間がかかる) 

> library(qgraph)

> qgraph(cor(mysql.data),edge.labels=T)

(vi) ヒートマップ

> cor.plot(cor(mysql.data),numbers=T)

(vii) 主座標分析

> plot(cmdscale(dist(cor(mysql.data))),type="n",xlab="", ylab=""); 
> text(cmdscale(dist(cor(mysql.data))),rownames(cor(mysql.data)))

これらをスクリプトにしたものが次になります。
[Basic.R]

	basic.summary <- function(){
	summary(mysql.data)
	write.csv(summary(mysql.data), file="summary.csv")
	}
	basic.boxplot <- function(name){
	boxplot(name)
	}
	basic.hist <- function(name){
	hist(name, col = "orange", main = 'Histgram', labels=T, xlab="range")
	}
	basic.pairs <- function(name){
	pairs.panels(name,hist.col="skyblue",rug=F,ellipses=F,lm=T)
	}
	basic.cor <- function(name){
	qgraph(cor(name),edge.labels=T,minimum=.2,edge.color="black")
	}
	basic.heatmap <- function(name){
	cor.plot(cor(name),numbers=T)
	}
	basic.cmdscale <- function(name){
	plot(cmdscale(dist(cor(name))),type="n",xlab="", ylab="");
	text(cmdscale(dist(cor(name))),rownames(cor(name)))
	}

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参考
http://kusanagi.hatenablog.jp/entry/2014/07/23/220951