RStudio (3): RMySQLのデータからクラスタ化

RMySQLでDBからデータを取得し、そのデータからクラスタ化しました。
距離関数を作成するときに試行錯誤したのですが、DBから得られたデータでそのまま行けました。

dbconnector <- dbConnect(dbDriver("MySQL"),dbname="xxxxxxxx",user="yyyyyyyyy", password="zzzzzzzzz")
zones.table <- dbGetQuery(dbconnector, "SELECT zone_nondpc, zone_nontrans, zone_nonhospital , zone_hospital FROM zones where prefecture_id = 22")
zones.c <- cbind(c(zones.table$zone_nondpc), c(zones.table$zone_nontrans), c(zones.table$zone_nonhospital), c(zones.table$zone_hospital))
zones.d <- dist(zones.c)
print(zones.d)
zones.h <- hclust(zones.d)
plot(zones.h)

グラフにタイトルを入れる場合は

plot(zones.h, main="Cluster in a secondary medical care zone", xlab ="Zone ID", ylab="Distance")

のようになります。

クラスタ作成時に、領域でクラスタを表示する場合は、次のようにやります。最初の部分は同じ

cluster = hclust(dist(zones.d), method="ward")
rect.hclust(cluster, k=3, border="red")